2016年，10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng)，這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng)，由儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件組成，能全面對(duì)接Illumina測(cè)序儀。
鱘魚被認(rèn)為是活化石，具有很高的進(jìn)化，經(jīng)濟(jì)和保護(hù)價(jià)值。由染色體重復(fù)引起的鱘魚的倍性可能導(dǎo)致涉及倍性和生理過(guò)程的新微小RNA(miRNA)的出現(xiàn)。
在本研究中，來(lái)自華南瀕危動(dòng)物研究所的研究人員通過(guò)RNA-seq高通量測(cè)序結(jié)合微陣列和實(shí)時(shí)PCR的表達(dá)分析進(jìn)行了第一次鱘魚miRNA分析，旨在發(fā)現(xiàn)鱘魚特異性miRNA，確認(rèn)miRNA的表達(dá)模式，并說(shuō)明miRNAs靶標(biāo)對(duì)鱘魚生物過(guò)程的潛在作用。共鑒定出103種miRNA，包括58種具有強(qiáng)烈檢測(cè)信號(hào)的miRNA(信號(hào)> 500和P≤0.01)，通過(guò)微陣列檢測(cè)。實(shí)時(shí)PCR測(cè)定支持通過(guò)微陣列獲得的表達(dá)模式。此外，所有五種組織中21種miRNA的共表達(dá)和16種miRNA的組織特異性表達(dá)暗示了它們?cè)邝\魚生理過(guò)程中的關(guān)鍵和特殊功能。靶基因預(yù)測(cè)，特別是58個(gè)miRNA調(diào)節(jié)的富集功能基因組(369個(gè)GO術(shù)語(yǔ))和途徑(37個(gè)KEGG)(P<0.05)，說(shuō)明了miRNA和推定的mRNA的相互作用，以及這些生物過(guò)程中涉及的潛在機(jī)制。這些鱘魚miRNA的新發(fā)現(xiàn)擴(kuò)展了該物種的轉(zhuǎn)錄組信息公共數(shù)據(jù)庫(kù)，有助于我們對(duì)鱘魚生物學(xué)的理解，并提供可用于鱘魚繁殖的寶貴數(shù)據(jù)。
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